Spillet er naturligvis efterfølgeren til Prototype, sandkassen og tredjepersonseventyret hvor du styrede Alex Mercer i et forsøg på at afsløre den onde organisation kendt som Blackwatch og deres inhumane biokemiske forsøg på New Yorks befolkning. Den gang bevægede man sig igennem New Yorks gader ved at hoppe og flyve, og blev man fundet af soldaterne fra Blackwatch, måtte man tage benene på nakken eller tage kampen op med dem. Spillet bød på rigeligt med muligheder for at smadre kampvogne med de bare nævner eller samle dem op og kyle dem hundrede meter op i luften. Der var ikke det, som man ikke kunne.
Prototype 2 giver os mere af samme pose med en masse nye spændende forbedringer og fokus på at opleve volden og ødelæggelserne helt tæt på. Som set i det første spil kan man samle mange objekter op og gøre lige, hvad hjertet begærer, men til forskel fra 1'eren kan man nu også lade være. Således kan du samle en uskyldig person op og sætte ham ned, hvis du får dårlig samvittighed. men du kan selvfølgelig kyle ham tværs over gaden, såfremt du har haft en dårlig dag.
Spillet er inddelt i tre forskellige områder med hver deres atmosfære: grøn, gul og rød. Den grønne zone er forholdsvis fredelig, og der findes ingen tegn på mutationer eller monstre. Blackwatch's tilstedeværelse er begrænset. Den gule zone er fyldt med inficerede og syge mennesker og er overvåget af Blackwatch soldater og deres videnskabsafdeling, GenTec. De bruger den gule zone til at eksperimentere på befolkningen med virusen Blacklight og observere resultaterne. Den røde zone er ingenmandsland og er under lås og slå. Her hersker kaos og farlige monstre og Blackwatch soldater præger gadebilledet. De få, som slipper ud, ender i den gule zone i hænderne på Blackwatch.
Prototype 2 følger James Heller, som er blevet inficeret med Blacklight af Alex Mercer. Virusen har desuden slået hele hans familie ihjel, og Alex Mercer må være den ansvarlige. Således begynder et personligt hævntogt og en historie, som indeholder hæsblæsende aktionsekvenser og mystiske intriger.
Nogle af områderne, som udviklerne har sat fokus på, er kamp- og stealthsystemerne. Man kan forklæde sig som et medlem af Blackwatch og gå blandt den skræmte civilbefolking. Man kan endda bruge forklædningen til at komme tæt på de højtstående medlemmer af Blackwatch. Et af de nye initiativer består i et 'Awareness' system, et slags observationssystem, som giver dig informationer om, hvem som kan se hvem. Personer markeret med en rød farve kan ses af andre, hvilket forhindrer dig i at snigmyrde og overtage deres identitet. Personer markeret med hvidt ses ikke af andre og er derfor oplagte mål.
Hvis stealth ikke er ens forte, kan man ligesom i Prototype vælge at gå amok og kaste biler, kampvogne, ja næsten alt imod sine fjender. Her har udviklerne tilføjet et nyt system, som tillader dig at vælge, eksempelvis hvilken del af helikopteren eller kampvognen du ønsker at gå efter. Vores James Heller gik efter missilbeholderen under den venstre vinge af en helikopter, som rev den af med stor kraft. Her mærker man også, at det er udviklernes ønske at servere handlingen på tæt hold. Som taget ud af en film svinger James sig væk fra helikopteren med missilbeholderen under armen. Han lander hurtigt efter på jorden med et øredøvende brag og bruger missilbeholderen som en raketkaster mod en ny fjendtlig helikopter.
Også evolutionssystemet er blevet forbedret. I stedet for at få de samme specielle evner som alle andre, kan man nu skræddersy sin figur til sin præference via nye evner kaldet Mutationer.
Disse kan opnås ved at gennemføre missioner i en helt ny game mode kaldet Hunt mode. Du finder et mål og eliminerer det. I processen erhverver du desuden nye minder fra dit offer, som uddyber historien i Prototype 2. Når man har gennemført en mission, kommer man et skridt nærmere på at få tildelt en speciel Mutation. Der findes offensive og defensive mutationer, som gør dine angreb stærkere eller giver dig flere hitpoint. Til sidst er der mutationer som gør dig i stand til at bevæge dig hurtigere eller flyve længere. Måske er din James Heller en superhurtig dødsmaskine, som uddeler mange tæsk, eller også er han i stand til at modstå skud fra helikoptere og kampvogne uden så meget som at blinke. Valget er dit.
Som prikken over i'et har udviklerne gjort det endnu nemmere at sprede død og ødelæggelse. I Prototype skulle man pause spillet for at vælge en specifik evne, hvilket udvikleren har følt fjernede spilleren fra handlingen på skærmen. I Prototype 2 kan man således hot mappe evner til specifikke knapper, så man har de helt rette værktøjer ved hånden til at sprætte en kampvogn op som var det en konservesdåse. Man kan dog stadigvæk pause spillet og vælge en evne som kendt fra Prototype.
Prototype 2 lover og ser bedre ud end forgængeren, og hvis man var fan af Prototype, kan man godt glæde sig til næste år d. 24 april, hvor spillet bliver udgivet til Xbox 360, PlayStation 3 og PC. Det ser ud til at blive en eksplosiv oplevelse.